ישנן 4 שיטות בסדר הנחת פרשיות התפילין בתוך הבתים, כאשר שתי הדיעות העיקריות הינן דעת רש"י ודעת ר"ת.
לדעת רש"י –על פי שיטת רש"י יש לסדר את הפרשיות בסדר זה: "קדש", "והיה כי יביאך", "שמע", "והיה אם שמוע", כשבתפילין של ראש מתחילים מצידו הימני של מי המביט על בעל התפילין (שמאל המניח). כך גם סובר הרמב"ם.
לדעת רבינו תם – סדר הפרשיות הוא: "קדש", "והיה כי יביאך" "והיה אם שמוע" ו"שמע", מצידו הימני של המביט על בעל התפילין.
להלכה נפסק כדעת רש"י, וכפי המובא בשו"ע (אורח חיים סימן ל"ד ס"א):
"סדר הנחתן בבתים- לרש"י והרמב"ם קדש משמאל המניח בבית החיצון, ואחריו כי יביאך בבית שני, ושמע בבית השלישי, והיה אם שמוע בבית הרביעי שהוא בית החיצון לימינו ולר"ת בבית הג' והיה אם שמוע, ובבית הד' שהוא החיצון שמע. ומנהג העולם כרש"י והרמב"ם".
וכתב המשנה ברורה (סק"ד): (ד) כרש"י והרמב"ם – וכתב בב"י ושאר אחרונים דכן עיקר, וכן הסכים הגר"א בביאורו".
ופסק אדה"ז בשו"ע שירא שמים יניח שניהם, ובלשונו הזהב (שם ס"ד):
והעיקר כרש"י וסייעתויח וכן מנהג העולםיט ואעפ"כ כיון שתפילין אלו פסולין מן התורה לר"ת וסייעתו ונמצא שרוי כל ימיו בלא תפילין לכן כל ירא שמים יצא ידי שניהם ויעשה ב' זוגי תפילין".
ובסעיף שלאחריו כתב:
"ואם אינו יודע לכוין המקום להניחן יחד,או שחושש מפני היוהרא, יניח של רש"י ויברך עליהן, שהן העיקר, והן יהיו עליו בשעת קריאת שמע ותפלה. ולאחר התפלה יניח של ר"ת בלא ברכה, כדי לצאת לדברי הכל. ואם לבו נוקפו שקרא קריאת שמע בלא תפילין לר"ת וסייעתו והעיד עדות שקר בעצמו, יחזור ויקרא קריאת שמע אחר התפלה פרשה שמע ופרשת והיה אם שמוע שבהן הוזכרו מצות תפילין וא"צ לומר גם פרשת ויאמר".
ובסידור (האריז"ל) הר"ש מרשקוב (סוף כוונת התפילין ובשארית האצילות) בשם מהרי"ב, כתב שיניח תפילין דר"ת לאחר התפילה.
וכן הוא בסדור (ד"ה כל אשר): "יניח תפילין דרבנו תם בלא ברכה אחר התפלה בביתו וללמוד בהם שעה אחת אם חושש להניחן בבית המדרש מפני היוהרא או מפני שנוח לו יותר ללמוד בביתו".
וכן כתב בספר המנהגים (ספר המנהגים חב"ד עמ' 5):
"אחר כך מניחים תפילין דרבינו תם בלא ברכה וקוראים שמע גו' עד אמת, פרשת קדש גו' והזכירות שנדפסו בסידור ולומדים פרק משניות כל אחד לפי הבנתו".
בשנים מוקדמות יותר מחמת קדושת התפילין לא היו מניחים ר"ת מהבר מצוה, אלא רק לאחר החתונה (כמנהג רבים מחסידי פולין).
אך בהתוועדות פורים בשנת תשל"ו הביע הרבי את דעתו הברורה שיש להניח תפילין דר"ת החל מהבר מצוה, כי הזמן שאנו נמצאים בו מצריך זאת! הנה דברי הרבי (תרגום מתוך הנחה לא מוגהת):
"וידוע מהספרים שמדברים בנוגע לתפילין דר"ת ש"הלוואי שנצא י"ח בגוף נקי עם תפילין דרש"י וכו' , והשאלה האם להניח תפילין דר"ת. דעתי ברורה, שכעת זה הזמן להניח שני זוגות תפילין.
וכמו שאומר בשער הכולל (פי"א ס"ק ל"ח-ל"ט) של הסבא, שלדעת כתבי האריז"ל (פע"ח שער התפילין פרק ט'-י') שאין זה ענין של מנהג – המנהג הוא רק האם להניח את התפילין מיד לאחר התפילה או יחד עם תפילין דרש"י – אלא זה חיוב בעקבתא דמשיחא להניח גם תפילין דר"ת, וכפי שהוא מבאר שם בארוכה ובכמה ספרים בארוכה.
ומי שכבר שאלו אותי או אלו שרצו לשאול אותי בעתיד. . . וכל הרוצה תבוא עליו ברכה ושיניח תפילין דר"ת נוסף על תפילין דרש"י.
כדי שלא ייכשל,צריך שקודם יהיה לו תפילין דר"ת משלו, או באופן כזה שלא יקשה עבורו לאחר שיתחיל להניח תפילין דר"ת שיוכל להניחם מדי יום ביומו..".
בהמשל מבאר הרבי שהיות וחושך הגלות הוא כפול ומכופל לכן נצרך תוספת בענין של "וראו כל עמי הארץ כי שם ה' נקרא עליך" וכו', להניח ר"ת בנוסף לרש"י.
ולכן לסיכום: בהלכה – ירא שמים יניח ר"ת, ע"פ הקבלה מהאריז"ל יש חיוב להניח ר"ת, בדורות הקודמים נהגו להניח רק מהחתונה, אך כיום הרבי הביע דעתו באופן הכי ברור שכולם יניחו תפילין בשביל להוסיף באור. אך בתנאי שיהיה לו תפילין ר"ת משלו או באופן שתמיד יהיה מצוי עבורו תפילין אלו מדי יום, שלא ייכשל ח"ו באי הנחת תפילין.
ולכן, המנהג כיום להניח כבר מהבר ועוד קודם לזה בחודשיים שקודם הבר מצוה.
