הנה ה'נמוקי יוסף' (הביאו הב"י ריש סי' כ"ה) כתב שני סיבות לכך שצריך המתפלל להתעטף בטלית תחילה ורק לאחמ"כ להניח תפילין: א) מצוות ציצית שקולה ככל המצוות ולפיכך ראוי להקדימה. ב) מצוות טלית יותר תדירה משום שנוהגת גם בשבת ויו"ט ומשא"כ תפילין שאין מניחים בשבת ויו"ט "ותדיר ושאינו תדיר – תדיר קודם".
גם למדנו במדרש על הפסוק (שמות יב יז) "ושמרתם את המצות" (מכילתא בא פרשה ט): "דרש ר' יאשיה אל תקרא כן אלא ושמרתם את המצוות כדרך שאין מחמיצין את המצה כך אין מחמיצין את המצוה אלא אם באה מצוה לידך עשה אותה מיד".
ומשום איסור זה כתב הב"י (שם ד"ה 'ונהגו'): "הנותנים כיס של תפילין והטלית לתוך כיס אחד צריכים ליזהר שלא ישימו כיס התפילין למעלה כדי שלא יפגע בהם תחלה ויצטרך להניחם קודם עטיפת ציצית כדי שלא יעביר על המצות".
(וממשיך הב"י שזהו בשונה ממקרה בו אדם נטל את תפילין של ראש תחילה במקום ליטול תחילה את התפילין של יד שהדין הוא שצריך לסלקו מידו ולהניח את השל יד ולא אומרים בזה את הדין של "אין מעבירין על המצוות" משום ששם התורה הקדימה את של יד לשל ראש שכתבה "והיה לאות על ידך" ולאחמ"כ נכתב "ולטטפת בין עיניך" (וכן דרשו מן הפסוק "שכל זמן שבין עיניך יהיו שתים") וא"כ מוטב ש"יעבור על המצווה" משיעבור על מה שכתוב בתורה משא"כ בנידון דידן הקדימה של הטלית לתפילין אינו אלא אסמכתא בעלמא (כנ"ל משום שהיא תדירה כו') ומשום כך מוטב שתדחה אסמכתא זאת מאשר שיעבור על המצוה).
ואכן משום כך פסק המחבר בשו"ע (סי' כה א) "והמניחים כיס התפילין והטלית לתוך כיס אחת צריכין ליזהר שלא יניחו כיס התפילין למעלה כדי שלא יפגע בהם תחלה ויצטרך להניחם קודם הטלית כדי שלא יעבור על המצוה".
אלא שעל דברי המחבר אלו כתב המגן אברהם (סק"א): "צריך לי עיון דנראה לי דאין קפידא בזה כיון דהתפילין עדיין בתוך כיסן".
היינו שנחלקו המחבר והמגן אברהם האם הדין של אין מעבירין על המצוה שייך גם אם התפילין מונחות בנרתיקן ועדיין לא הוציאן שלשיטת החבר אע"פ שמונחות בכיסן שייך בהם דין זה של "אין מעבירין על המצוות" משא"כ לשיטת אם התפילין מכוסות לא שייך בזה האיסור של "אין מעבירין על המצוות" אלא שגם לשיטתו אם כבר הוציא את התפילין אל מחוץ לנרתיק יצטרך להניח את התפילין לפני הטלית משום ש"אין מעבירין על המצוות".
והנה בשו"ע הרב כתב (סכ"ה ב – ג): "המניחין הטלית וכיס התפילין לתוך כיס אחד יזהרו לכתחלה שלא יניחו כיס התפילין למעלה מן הטלית כדי שלא יפגע בהתפילין קודם שיפגע בהטלית ויצטרך להעביר על המצות כדי להתעטף בהציצית קודם הנחת התפילין שהרי מצות ציצית היא תדירה שנוהגת בין בחול בין בשבת ויום טוב ותפילין אינן נוהגין בשבת ויום טוב ותדיר קודם לשאינו תדיר: ואם לא נזהר בזה והניח כיס התפילין למעלה מן הטלית אעפ"כ יתעטף תחלה בהטלית קודם שיניח תפילין ואין זה כמעביר על המצות כיון שהתפילין הם מכוסים ומונחים עדיין בתוך כיסם אבל אם התפילין הם בגלוי ומונחין בלא כיסן למעלה מן הטלית אסור להעביר על המצוה שנזדמנה לידו וצריך שיניח התפילין קודם עטיפת הטלית".
וכתב ב'חקרי הלכות' שלכאורה מצינו בדבריו סתירה מרישא לסיפא שמתחילת דבריו משמע שאע"פ שהתפילין בכיסם יש את הבעיה של "אין מעבירין על המצוות" דהרי כתב שלכתחילה לא יניח את כיס התפילין למעלה מן הטלית בשביל שלא יצטרך להעביר על המצוות אבל בהמשך דבריו כתב שכיון שהתפילין בכיסם אין בכך את הבעיה של "אין מעבירין על המצוות".
ולתרץ זאת הביא מספר 'שארית יעקב' שתירץ שרבינו לקח לו דרך לחוש לכתחילה לפסק המחבר דגם כשהתפילין מונחות בכיסם יש את החשש של "אין מעבירין על המצוות" ובדיעבד פסק כמגן אברהם שלכן לכתחילה אין להניח את כיס התפילין מעל הטלית ד"אין מעבירין על המצוות" אבל בדיעבד אם עשה כך אם עדיין התפילין בכיסם יתעטף בטלית תחילה כדברי המגן אברהם ולא בתפילין כדברי המחבר עיי"ש בארוכה.
והנה מכל הנ"ל בנוגע לשאלתך אם נטלת את התפילין כשהם עדיין בנרתיקם אינך צריך להניח על התפילין תחילה אבל אם כבר היו מחוץ לנרתיקם אתה צריך להניחם ראשונה לפני הטלית משום "אין מעבירין על המצוות".
