לפני שניגשים לענות על שאלה כזו, צריכים להקדים תחילה את הידוע והברור, שכל מעשיו של הקב"ה הם טוב וחסד, וגם שמכה הקב"ה את העולם, הרי זה כמו "אב רחמן" שמכה את בנו, שהכוונה בזה היא אך ורק כדי להביא אותו למקום נעלה יותר.
ובעניין העונש המדובר, לדור המבול, ישנם כמה וכמה ביאורים בתורתנו הקדושה, שביאורים אלו שופכים אור אחר לגמרי על כל מהותו של המבול, ומבארים אותו בצורה פנימית ועמוקה. וכפי שיתבאר לקמן בקצרה, וכדי להבין את הדברים טוב יותר, יש לעיין במקורות.
במדרש נאמר "מתחילת ברייתו של עולם לא הי' קלוסו של הקב"ה עולה אלא מן המים", ולאחרי ש"עמד דור המבול ומרד בו. . אמר הקב"ה יפנו אלו ויעמדו ויבואו אותן שישבו בהן מקודם הדא הוא דכתיב ויהי הגשם על הארץ ארבעים יום וארבעים לילה".
וממדרש זה מובן, כמו שמבאר הרבי בשיחתו הקדושה, ליקוטי שיחות חלק ל' לפרשת נח, שמצבו של העולם בהיותו מוצף במי המבול, הוא דומה למצב שהיה בתחילת הבריאה, שהעולם כולו היה עולם שמקלס את הקב"ה.
וכדי להבין מדרש זה, שלכאורה נראה שהוא לא מתאים כלל עם הפירוש הפשוט שבמי המבול, וכפי שמובא בפירוש בתורה "לשחת כל בשר אשר בו רוח חיים מתחת לשמים", יש להקדים הקדמה קצרה, והיא:
התורה היא קדמה לעולם, ולמרות ש"אין מקרא יוצא מידי פשוטו", ופשטות דברי התורה הם כפי שהיא נלמדת בעולם שלנו, העולם הגמשי, הרי "בכל תיבה ותיבה שבתורה יש (גם) פירוש פנימי ורוחני, כפי שהתורה נלמדת בעולמות עליונים רוחניים (שלמעלה מעלה מענינים גשמיים).
ומובן, שכלל זה חל לא רק על ציוויי התורה, אלא גם על סיפורי התורה. דעם היות שכל סיפור שבתורה אירע בפשטות בכל פרטיו כפי המסופר בתורה, מ"מ, מכיון שהתורה קדמה לעולם, עכצ"ל שגם סיפורי התורה מכילים תוכן רוחני בהתאם למציאות התורה בעולמות עליונים."
ובזה מבואר גם מהו מהותו של המבול:
"זה שהמבול בא להעניש את אנשי דור המבול, וגם לטהר את הארץ מטומאת חטאי דור המבול, ה"ז רק כפי שהענין הוא למטה וכפשוטו; אמנם מכיון שענין המבול מסופר בתורה — בהכרח לומר שענין המבול לכל פרטיו ישנו ג"כ בתורה כפי שהיא "בעליונים", ב"עולם" שלא שייך בו שום ענין של רע וחטא.
וזהו מה שמשמיענו המדרש, שהמציאות של מי המבול על פני כל הארץ הוא (גם) ענין שכולו קדושה — דוגמא ל"תחילת ברייתו של עולם", כאשר "כל העולם כולו מים במים", כי "לא הי' קלוסו של הקב"ה עולה אלא מן המים".
ומבאר שם הרבי באריכות, שזהו התוכן בביאורו של אדמו"ר הזקן, שמי המבול היו בדוגמא למי מקוה, ארבעים הימים כנגד ארבעים הסאה, אף על פי שבפשטות טבילה במקווה היא כדי לטהר מטומאה, הרי ישנה טבילה שהיא מיועדת אך ורק לתוספת קדושה. וכפי שמצינו בטבילתו של הכהן הגדול ביום הכיפורים, שגם לאחרי שהוא טבל את טבילתו הראשונה, שהיא הוציאה אותו מכל חשש של טומאה, הרי הוא ממשיך לטבול כתוספת קדושה, ועליה בדרגות הקדושה גופא.
וכן י"ל בנוגע למי המבול, שהם בדוגמא למקוה: זה שהמבול בא לטהר את הארץ מטומאת חטאי דור המבול הוא רק כפי שענין המבול נשתלשל מלמעלה וירד ונמצא "בתחתונים", אבל ענינו ב"עליונים" (בעולם שכולו קדושה) הוא — הטבילה הנדרשת בעלי' מדרגא בקדושה לדרגא עליונה יותר.
ובפרטיות יותר, שהתוכן הרוחני של ענין המבול (כאשר כל העולם כולו מכוסה במים) — הוא שכל הארץ כולה "שקועה" במי הדעת עד שאין נראית מציאותה של הארץ כ"א של "מי הדעת".
וכמו"כ הוא התוכן הרוחני של מי המבול בימי נח — שבאו "לשחת כל בשר", "לשחת הארץ" — היינו לבטל ("לשחת") בביטול כליל (של "בשריות" ו"ארציות") ב"מי הדעת", עד שלא נראה שום מציאות מלבדו יתברך.
וע"ד המצב שיהיה קיים בעולם לעתיד לבוא, שאז יהיה "מלאה הארץ דעה את ה' כמים לים מכסים". ומצב זה היה קיים גם בתחילת הבריאה, כאשר קילוסו של הקב"ה לא היה אלא מן המים, אלא שלאחרי ההכנה וההכשרה שנפעלה ע"י המבול, הרי נשבע הקב"ה שלא יהיה עוד מבול כלל וכלל, כי, לאחרי שנבראה מציאות היבשה, המטרה והתכלית היא להשפיע את אורו של ה' בתוך המציאות הגשמית של העולם,
ולאחרי שנעשתה כבר הכנה והכשרה לגילוי שיהיה לעתיד לבוא ע"י הטבילה במי המבול, הרי שוב אין צורך "לשחת", לבטל מציאותו, ולכן נשבע הקב"ה ש"לא יהי' עוד מבול" (כי, אדרבה, תכלית הכוונה היא שתהי' מציאותה של הארץ).
ולסיכומו של עניין – כפי שהעונש של המבול מתפרש בעולם הזה הגשמי, הוא אכן עונש קשה ומר על חטאים; אך כפי שהתורה "מדברת בעליונים" וכפי שהענינים הם מצד למעלה, ישנה מטרה ותכלית מאוד מהותית בעונש המבול, שכל ענינה הוא להביא את העולם לביטול עצמי ב"מי הדעת הטהור", כהכנה והכשרה לגילוי השלם שיהיה בארץ בגאולה האמיתית והשלימה, בהתגלות מלכנו משיחנו, יבוא ויגאלנו ויוליכנו קוממיות לארצנו, בעגלא דידן.