המושג "נפש השכלית" מובא במקומות רבים בתורת החסידות, ולדוגמא בלקוטי תורה לפרשת בחוקתי כותב אדמו"ר הזקן –
"אם בחקותי תלכו כו'. מבואר בע"ח בחי' צלם כו' שהוא בחי' נפש השכלית המחבר הצורה והחומר שהוא נפש האלקית עם נפש הבהמית לברר בירורים כי נפש הבהמית הוא בחי' בהמה פשוטה.. ונפש השכלית היא בחי' נוגה מעורב טו"ר כמ"ש חכמים המה להרע". והמשמעות היא, שהתפקיד של הנפש השכלית, היא לחבר את הנפש האלקית עם הנפש הבהמית. בהמשך התשובה יבואר מקומה של הנפש השכלית מול שאר הנפשות ביתר פרטות.
ובמאמר מחג השבועות תשכ"ו, מרחיב הרבי את הביאור בעניינה של הנפש, ובכללות תוכן הביאור הוא כך:
הנפש האלקית והנפש הבהמית הם רחוקים זה מזה בריחוק שבאין ערוך לגמרי. כי הטבע של הנפש האלקית היא לעלות למעלה, כל עניינה הוא רק אלקות וענינים רוחנים, וכל זה הוא לא רק כפי שהיא נמצאת למעלה – בעולמות העליונים – אלא גם כפי שהיא ירדה לעולם הזה הגשמי, מצד עצמה היא שייכת אך ורק לעניינים רוחניים.
ואילו הטבע של הנפש הבהמית הוא הפוך לגמרי, שהיא כמו בהמה שטבעה לרדת למטה, היא נמשכת תמיד לעניינים תחתונים.
ולמרות הריחוק הגדול בין הנפשות, הנפש האלוקית ירדה לעולם הזה כדי לברר ולזכך את הנפש הבהמית, ע"י קיום התורה והמצוות שהתלבשו בעניינים גשמיים.
אך אי אפשר לפעול בריחוק כל כך גדול ללא ממוצע, שהיא בעצם הנפש השכלית. ומבאר זאת הרבי:
"אמנם, כדי שנפש האלקית תוכל לפעול התיקון דנפש הבהמית, יש צורך בממוצע, שזהו ענינה של נפש השכלית, והיינו מה שיכול האדם להשיג ולהתבונן בגדולת ה' בשכל אנושי, ועי"ז יש ביכולת נפש האלקית להסביר גם לנפש הבהמית כו'".
היינו שתפקידה של הנפש השכלית היא להיות המקשר בין הנפש האלוקית ובין הנפש הבהמית. ומסביר הרבי, שלולי הנפש השכלית, לא הייתה יכולה להיות פעולה של הנפש האלוקית בנפש הבהמית. ובלשונו שם:
"ולולי נפש השכלית אי אפשר לנפש האלקית לפעול על נפש הבהמית, כי, נפש הבהמית, כיון שכל ענינה אינו אלא שנמשכת לעניני מטה, הנה בשמעה שמדברים אודות אלקות, הרי היא בורחת מזה..
וכפי שרואים במוחש באדם שמושקע בתאוות גשמיים, שבשמעו שמדברים אודות ענינים רוחניים, הנה בידעו שאפשר שיפעלו הדברים עליו, ויפריעו לו להיות מונח בתאוותיו כו', הרי הוא בורח מזה. ולכן, האפשרות שנפש האלקית תוכל לפעול על נפש הבהמית אינה אלא באמצעות נפש השכלית, שעל ידה בא ההסבר של נפש האלקית באופן ששייך ומובן גם לנפש הבהמית, ועד שגם היא תבוא לאהבה את ה', כמ"ש ואהבת את ה' אלקיך בכל לבבך, בשני יצריך".
בהמשך המאמר מבאר הרבי, שפעולת הנפש השכלית היא ע"י התבוננות שכלית, שעל ידי כך פועלת ומחברת בין הנפשות.
ובכללות הנפשות, מגדיר זאת הרבי באחד המכתבים :
"והנה באדם יש: א) נפש האלקית, ב) נפש השכלית, ג) נפש הבהמית, ד) גוף..
א) נפה"א מדריגתה חלק אלק' ממעל ממש, ואם נפלה ממדרי' זו, שאינה ברצוא להתדבק באלקות נק' מית, והעצה לזה למוד והתבוננות והנהגה ע"פ תורת דא"ח,
ב) נפש השכלית ענינה להבין את הנה"ב ע"י שכל ומוחין איך להתנהג במדותי', והנה הקטן - הן בשנים והן בדעה - מדותיו בתקיפות ושכלו בקטנות, ואם נפש השכלית נגררת אחר התאות, אפי' של היתר, כבהמה, ה"ז נפילה ממדרי' ואיקרי מית וזהו ענין החנוך להעמידו על ההנהגה הנכונה,
ג) נפש הבהמית, צריכה להיות מצד עצמה, עכ"פ כבהמות וחיות שאינם משנים את תפקידם אבל אם עושה איסור ועברה שעוברת על רצון בוראה ה"ז נפילה ממדריגתה ואיקרי מית..
ד) גוף ענינו כלי להנפש, ואם הופסק הקישור שביניהם, ה"ז נפילה ממדריגתו, מיתה כפשוטו, ועל המתעסקים בו ח"ק לסדר הכל שיהי' מוכן לתחה"מ בב"ב".
בקשר לנפשו השכלית של הגוי, מבאר הרבי בשיחה לפרשת נח בליקוטי שיחות חט"ו כך:
על דברי המשנה "חביב אדם שנברא בצלם, חיבה יתירה נודעת לו שנברא בצלם, שנאמר: כי בצלם אלקים עשה את האדם" (אבות פ"ג מי"ד); פירוש הרבי הריי"צ, ש"צלם" הוא הנפש השכלית שישנה הן אצל יהודים והן אצל בני נח, ו"חיבה יתירה" הוא הנפש שכלית של ישראל שהיא נעלית מזו של המין האנושי בכלל.
ומסביר שם, שההבדל בין הנפש השכלית של הגוי ליהודי, שאף שתפקידו של השכל הוא לברר את ה"אמת" שבכל דבר, ולכן הוא מתעלה מעל הנטיות האישיות, בכל זאת שכל זה מביא את בני נח לידי ישות וגסות - כי ענינו של השכל הוא שמתבטל כלפי הדבר שבו הוא עוסק, והשכל העוסק בעניני העולם שהם ישות ומציאות, אזי נעשית אף בשכל הרגשת ישות.
לימוד חכמות חיצוניות מביא את האדם לידי הרגשת ישות עצמית ואף גסות מסוימת;
ואילו הנפש השכלית של היהודי, יש לה עידון רוחני מסוים, ולא מצד עצמה, אלא מצד שליהודי יש נפש אלקית שנעלית מהעולם, ומביאה אותו לידי התבטלות לאלקות. וזהו ש"חיבה יתירה נודעת לו" - שיש ליהודי חיבה עצמית שהיא גרמה לזה ש"נברא בצלם".
היינו שגם נפשו השכלית של היהודי, היא שונה מנפשו השכלית של הגוי, ולכן מוטל עליו לפעול גם כן על הגוי עצמו, בקיום שבע מצוות בני נח ועוד.