מבואר בשולחן ערוך יורה דעה הלכות מזוזה סימן רפט סעיף ב, שמקום קביעתה של המזוזה הוא בתוך חלל של פתח, בטפח הסמוך לחוץ, ואם שינה אינו מעכב, ובלבד שיניחנה במזוזה עצמה בתחילת שליש העליון גובה השער. ואם קבע למעלה מזה כשרה, והוא שירחיק אותה מהמשקוף טפח, וצריך לקבעה על ימין הנכנס. ואין חילוק בין אם הוא אטר יד או לא, ואם קבעה משמאל, פסולה.

והמקור לכך כתב בטורי זהב, שכתוב בתורה וקשרתם וכתבתם מה קשירה בגובה אף כתיבה בגובה, ומה קשירה אינו בגובה ממש למעלה אף כתיבה צריכה להרחיק טפח מהמשקוף, וזהו לכתחילה אבל בדיעבד כשר בלא הרחקה מלמעלה. אבל בהרחיק את המזוזה מלמעלה יותר משליש כתב בית יוסף בשם הרמב"ם שאפילו בדיעבד פסול ולא כשיטת הטור שכתב שאם שינה גם בזה אין מעכב בדיעבד, ומשום כך כתב הרמ"א שהולך על סעיף ב' שכשר בדיעבד, שמשמע שבזה אפילו בדיעבד פסול.

עוד כתב, שמה שמבואר בטור שאף אם עשאה אחורי הדלת אינו מעכב בדיעבד, חא מצינו מי שחולק בזה כיון שבימין הוא, ומבואר בבית יוסף בשם המרדכי שאם היא גבוה הרבה אין לעשות המזוזה גבוה מכתיפיו, שאז אינה נראה לעיניו בכניסה ויציאה, וסמך לדבר נראה לומר בפסוק ולבנימין וגו' ובין כתיפיו שכן, להורות שארצו ישכון לבטח יותר משאר ארצות, כי אילו בשאר אין השראת השכינה אלא במקום מזוזה שהיא בין כתפיו של אדם, אבל בנימין חופף עליו כל היום מלבד ובין כתפיו שכן.

והנה אם הפתח גבוה הרבה כתב בתוספות במסכת מנחות דף לג עמוד ב, שהכוונה במה שכתוב תחילת שליש העליון שיש להרחיקה, הכוונה שיותר לא ירחיקנה מן התקרה - ובירושלמי משמע בפרק ב' של מסכת מגילה, שכאשר הפתח גבוה הרבה, אזי מניחה כנגד כתפיו, וחולק על הגמרא שלנו.

וכן כתב בש"ך סימן קטן ד' שלמטה משליש העליון פסול כמפורש בבית חדש ובבית יוסף. וכתבו עוד מהפוסקים שכאשר הפתח גבוה הרבה, אזי יניחנה כנגד כתיפיו אבל לא למעלה מכתיפיו בענין שלא יראה אותה.

ובערוך השולחן הביא בעניין זה, שמצוה להניחה בתחלת שליש העליון, כגון שגובה הפתח ג' אמות יניחנה בתחלת האמה השלישית, ואם הניחה למטה מזה פסולה, אבל למעלה מזה כשר ובלבד שירחיקנה מן המשקוף העליון טפח, ובדיעבד כשרה גם בלא הרחקת טפח. והתוספות שם הביאו מירושלמי שיניחנה כנגד כתפיו ולא למעלה מכתפיו, ולפי זה אם הפתח גבוה הרבה באופן שתחלת שליש העליון הוא למעלה מכתפיו כיצד יעשה, ובירושלמי במסכת מגילה אומר מפורש שאימתי נותנה בשליש העליון כשהוא נגד כתיפיו, אבל כשהוא למעלה מכתיפיו אין להשגיח על שליש העליון.

אמנם הרמב"ם והטור והשולחן ערוך לא הזכירו רק שליש העליון, וגדולי האחרונים הסכימו כשיטת הירושלמי, אבל התוספות במנחות כתבו שהירושלמי חולק על הגמרא שלנו. ומכל מקום כיון שבירושלמי מבואר שם שכן עשו למעשה, בהכרח לעשות כן, וצריך לומר שמה שהגמרא שלנו לא הזכירה זאת, משום שזהו מילתא דפשיטא היא, שהרי יש מי שסובר שטפח למעלה מהקרקע די, ועוד ששליש העליון לומדים - מה קשירה בגובה אף כתיבה, ומזה יש ללמוד מה קשירה על האדם אף כתיבה כנגד האדם, ועוד שפתחים שלהם לא היו גבוהים כל כך עד שתחלת שליש העליון יהיה למעלה מכתפיו.

ולמעשה כתב בתשובות והנהגות כרך ב סימן תקלח, נשאלתי היכן לקבוע המזוזה בשער גדול ששליש העליון גבוה, האם יקבע בשליש העליון או מול הכתפים, ובאמת יש בזה מחלוקת בין גדולי הפוסקים, ועיקר יסוד האחרונים לדחות הירושלמי, שאם יקבענו למטה משליש העליון פסול בדיעבד, על כן לית לן לקיים כירושלמי שאינו אלא מצוה בעלמא, ולהיכנס לחשש שמא גם בדיעבד לא יצא לגמרא שלנו, ודבריהם בנויין על פי היסוד שלירושלמי נגד כתפיו אינו אלא מצוה לכתחילה.

וממשיך, ובמקום אחר ביארתי שאדרבה ראוי לחשוש שלשיטת הירושלמי שלמדים מתפילין צריך כנגד כתפיו, אם כן יש לחוש שלמעלה מגופו פסול גם בדיעבד, אכן גם לבבלי מה שמצותה בשליש העליון למדים מתפילין, שמה תפילין בגובה אף מזוזה בגובה, כמבואר במנחות שם, אם כן יש לומר שלא ממעט אלא בפתח מצומצם, אבל פתח גבוה מספיק להניחו כנגד כתפיו וכשר ואין לנו למעטו ממה שלמדים מתפילין בגובה אף מזוזה בגובה כי וודאי  נחשב בגובה, וכמבואר בבית חדש, ולכן עיקר המצוה כנגד כתפיו, שלמעלה בשליש העליון אולי לא יצא, אם כי יש באחרונים שמפרשים בירושלמי שאינו אלא לכתחילה, אינו מוכרח.

ומסיים שם שלמעשה דעתי נוטה כרוב הפוסקים לקבוע נגד כתפיו, וכל זה בפתח גבוה, אבל בפתח רגיל שלמטה משליש העליון הוא למטה מכתפיו ודאי למעשה יקבע בשליש העליון וזהו העיקר שאם לא כן חוששין שביטל המצוה ולכמה פוסקים חוזר וקובע בברכה. ונראה שאם אפשר לקבוע עוד משקוף שתהא תוך שליש העליון הכי עדיף טפי, שבזה יוצא דעת כל הפוסקים וכדאי היא מצות מזוזה החביבה והתמידית לצאת בזה ללא כל חשש.

ולשיטת הרב עובדיה יוסף בהליכות עולם רמח יג. הנה כיון שמפשט המחבר שליש עליון מכל מקום ואין לזוז מפסק זה.

העולה מן האמור, שלשיטת האשכנזים יש למעשה לקבוע כנגד כתפיו (והמדקדקים יעשו עוד משקוף נמוך יותר, בכדי שיצא שהמזוזה תהיה בתחילת השליש העליון). ולשיטת הספרדים תמיד יש לקבוע שתחילת השליש העליון.