כשבאתי להניח תפילין רש"י לפני התפילה נטלתי בידי בטעות את תפילין רבינו תם האם אני צריך להניחם תחילה משום 'אין מעבירין על המצוות'?

בשביל לענות על שאלתך נקדים תחילה את המקור לדין זה ואיך דין זה משליך על הלכות תפילין בכללות ומשם נבוא לדון בתפילין דרבינו תם:
במדרש על הפסוק (שמות יב יז) "ושמרתם את המצות" (מכילתא בא פרשה ט): "דרש ר' יאשיה אל תקרא כן אלא ושמרתם את המצוות כדרך שאין מחמיצין את המצה כך אין מחמיצין את המצוה אלא אם באה מצוה לידך עשה אותה מיד".
ומשום כך פסק המחבר בשו"ע (סי' כה א) "והמניחים כיס התפילין והטלית לתוך כיס אחת צריכין ליזהר שלא יניחו כיס התפילין למעלה כדי שלא יפגע בהם תחלה ויצטרך להניחם קודם הטלית כדי שלא יעבור על המצוה".
היינו שפסק המחבר שמצד דין זה ש'אין מעבירין על המצוות' צריך האדם להיזהר להניח את תיק התפילין בצורה כזו שיפגע בו ראשונה דאם יפגע בטלית ראשונה יצטרך להקדימו לתפילין משום 'אין מעבירין על המצות'.
ועל דין זה של המחבר חלק המגן אברהם (שם סק"א) וכתב שכל עוד התפילין מונחות בכיסם אין את החשש של 'אין מעבירין על המצוות' שלכן גם אם פגע בכיס התפילין תחילה אינו צריך להניחם ראשונה אלא יתעטף בטלית ואח"כ יניח תפילין.
היינו שנחלקו המחבר והמגן אברהם האם גם שהתפילין מכוסות בכסויים נאמר הדין של 'אין מעבירין על המצוות' - דעת המחבר שגם במקרה כזה יש את האיסור של 'אין מעבירין'. ודעת המג"א שאין בכך את האיסור של 'אין מעבירין' אבל גם לפי דעתו אם התפילין אינם בכסויים שייך בהם האיסור של 'אין מעבירין' ויצטרך להקדימם ולהניחם לפני הטלית.
ופסק רבינו בשולחנו כשיטת המגן אברהם שכל עוד התפילין בכסויים אין את האיסור של 'אין מעבירין' וז"ל של רבינו: "ואם לא נזהר בזה והניח כיס התפילין למעלה מן הטלית אעפ"כ יתעטף תחלה בהטלית קודם שיניח תפילין ואין זה כמעביר על המצות כיון שהתפילין הם מכוסים ומונחים עדיין בתוך כיסם אבל אם התפילין הם בגלוי ומונחין בלא כיסן למעלה מן הטלית אסור להעביר על המצוה שנזדמנה לידו וצריך שיניח התפילין קודם עטיפת הטלית".
(אלא שרבינו הביא להלכה גם את דבריו של המחבר שכתב שאין להשים את כיס התפילין בצורה כזו שיפגע בו תחילה לפני הטלית (אע"פ שהתפילין בכסויים) וכבר נעמד על סתירה זו בספר 'חקרי הלכות' (להרב פיקארסקי ח"ב נא א) והביא לתרץ שרבינו חושש לדברי המחבר לעניין לכתחילה ומשום כך לא יניח את התפילין בתוך התיק באופן כזה שיפגע בהם תחילה אבל לענין דיעבד פוסק כמג"א שאם בטעות הניח את התפילין בתיק באופן שפוגע בהם תחילה הנה אם הם מונחות בכסויים אין את האיסור של 'אין מעבירין' ויתעטף בטלית תחילה).
וא"כ בנדון שאלתך אם התפילין היו עדיין בכיסם אין בכלל מה לחשוש משום 'אין מעבירין על המצוות' אלא שבמקרה שלך שמדובר בתפילין דרבינו תם שנטלם במקום תפילין דרש"י הנה אפילו אם כבר התפילין לא היו מונחות בכיסם אין בכך את הבעיה של 'אין מעבירין על המצוות'.
וסיבת הדבר הוא משום שבשו"ע נפסק (סי' לד א) שדעת רש"י עיקר וא"כ בתפילין אלו יוצאים ידי חובת המצווה של הנחת תפילין ותפילין דר"ת הם רק כהידור ורשות ומשום כך אם נטל בידו תפילין דרבינו תם יכול להעבירם וליטול את של רש"י וכדברי הפמ"ג (א"א סק"ו): "ואם נזדמן שהוציא כיס של רבינו תם תחילה יעבירם כי לדידן רש"י עיקר ולא הוה מעביר על המצוות ויזהר בכך".
וכן גם כתב בשו"ת אשל אברהם (מבוטשאטש סכ"ה א): "ומתפילין דרבינו תם ז"ל ודרש"י ע"ה לא שייך מעביר על מצוות לפי מ"ש השאגת אריה ע"ה שרק ממצוה למצוה יש קפידא מה שאין כן ממצוה לרשות".
(ויש להעיר שגם במקרה הפוך שבזמן שרצה להניח רבינו תם נטל בידו בטעות תפילין דרש"י כתב בספר 'ברכי יוסף' (לד ג): "מי שנהג ללבוש תפילין דרבינו תם לבד.. ונזדמנו לו תפילין של רש"י לפי מה שהעליתי לעיל סימן כ"ה אות ג' יכול להחזירם לכיס ולקחת תפילין דרבינו תם וללובשם כמנהגו ואין בזה משום אין מעבירין על המצוות" וראה גם ב'אשל אברהם' שם.)
ולסיכום הנ"ל בנוגע לשאלתך כיון שנפסקה ההלכה כשיטת רש"י וא"כ את קיום מצוות תפילין מקיים האדם ע"י תפילין דרש"י ותפילין דרבינו תם רשות הם א"כ אין בכך את הבעיה של אין מעבירין על המצוות ואתה יכול להניח מידך את תפילין דרבינו תם ולהניח ראשונה את של רש"י.