כותב הרמב"ם בהלכות בית הבחירה (פ"ו, א-ה): הַמִּקְדָשׁ כֻּלּוֹ לֹא הָיָה בְּמִישׁוֹר אֶלָּא בְּמַעֲלֵה הָהָר. כְּשֶׁאָדָם נִכְנָס מִשַּׁעַר מִזְרָחִי שֶׁל הַר הַבַּיִת מְהַלֵּךְ עַד סוֹף הַחֵיל בְּשָׁוֶה. וְעוֹלֶה מִן הַחֵיל לְעֶזְרַת הַנָּשִׁים . . וּמְהַלֵּךְ כָּל עֶזְרַת הַנָּשִׁים בְּשָׁוֶה. וְעוֹלֶה מִמֶּנָּה לְעֶזְרַת יִשְׂרָאֵל . . וּמְהַלֵּךְ כָּל עֶזְרַת יִשְׂרָאֵל בְּשָׁוֶה וְעוֹלֶה מִמֶּנּוּ לְעֶזְרַת הַכֹּהֲנִים . . וּמְהַלֵּךְ כָּל עֶזְרַת הַכֹּהֲנִים וְהַמִּזְבֵּחַ. וּבֵין הָאוּלָם וְלַמִּזְבֵּחַ בְּשָׁוֶה. וְעוֹלֶה מִשָּׁם לָאוּלָם . . וְהָאוּלָם וְהַהֵיכָל כֻּלּוֹ בְּשָׁוֶה.
נִמְצָא גֹּבַהּ קַרְקַע הַהֵיכָל עַל קַרְקַע שַׁעַר הַמִּזְרָח שֶׁל הַר הַבַּיִת שְׁתַּיִם וְעֶשְׂרִים אַמּוֹת. וְגֹבַהּ שַׁעַר הַר הַבַּיִת עֶשְׂרִים אַמָּה. לְפִיכָךְ הָעוֹמֵד כְּנֶגֶד שַׁעַר הַמִּזְרָח אֵינוֹ רוֹאֶה פֶּתַח הַהֵיכָל. וּמִפְּנֵי זֶה עָשׂוּ כֹּתֶל שֶׁעַל גַּבֵּי שַׁעַר זֶה נָמוּךְ. כְּדֵי שֶׁיְּהֵא כֹּהֵן הָעוֹמֵד בְּהַר הַמִּשְׁחָה רוֹאֶה פֶּתַח הַהֵיכָל בְּשָׁעָה שֶׁמַּזֶּה מִדַּם הַפָּרָה נֹכַח הַהֵיכָל.
בכמה וכמה מקומות מסביר הרבי באריכות את ההלכה, ואת הנקודות שאותם הרמב"ם מדגיש, שבהלכה זו טמן הרמב"ם כמה וכמה ענינים עיקריים בכל מהותו של המקדש והמשכן.
בפתיחת ההלכה "לא היה במישור אלא", מדגיש הרמב"ם שאע"פ שבנין המקדש הוא המשך למשכן המדבר (כמפורט בפ"א ה"ה הדברים שעושים בדומה למשכן, שהם "עיקר בבנין הבית"), והמשכן הי' במישור – בית המקדש לא הי' במישור, אלא במעלה ההר.
והסיבה שמדגיש "המקדש כולו", כי מדובר כאן על כל שטח המקדש במובנו הכללי, כולל עזרת נשים, שהיא והחיל "מעלה יתירה בבית עולמים". ולא רק ההיכל והעזרה שהם בדוגמת המשכן (כמ"ש בה"ב "עזרת ישראל נקרא מקדש").
ושינוי זה אינו רק כורח המציאות, מכיון שהמקדש נבנה בהר, שגם אז אפשר לבנותו במישור, כפי שנבנה החיל בשווה והעזרת נשים בשווה וכו'. אלא מובא כהלכה פסוקה.
ומסביר הרבי שאין לומר שזו רק הקדמה לביאור הצורך בהנמכת כותל המזרח, כי לזה אין צורך באריכות המפורטת, אלא די בציון הגבהים השונים, או רק הגובה הסופי המובא בהלכה ה'], ובלשון "לא .. אלא", היינו שזה תנאי לעיכובא
והסיבה לכך מבאר הרבי,
למרות שמצד העניין לא היינו צריכים לחפש ביאור והסבר מאחר שזהו מיד ה' עלי השכיל, וברור שלכל יש כוונה ומטרה אלוקית, הרי עדיף למצוא לכך הסברה מלומר סתם שזו גזרת הכתוב, משום שדווקא המקדש הי' "דירת קבע", וחלה בו הקדושה על הקרקע עצמה – בב' הפרטים: א. מקומו של המקדש, "המקום אשר יבחר ה'", שאף לאחר חורבנו אפשר להקריב ולאכול בו קרבנות, כי קדושתו נקבעה במקום לנצח, ואילו המשכן נדד ולא נשארה הקדושה במקומו הקודם. [ולהעיר מתוס' יומא שמפרש שרק לאחר שהעמידוהו במקום הבא פקעה קדושת המקום הקודם. ואכ"מ]. ע"ד הר סיני ש"במשוך היובל המה יעלו בהר".
ב. ובקרקע המקדש שהי' בה מעשה קידוש, משא"כ במשכן הקדושה היתה רק בחלקי הבנין הקבועים שנמשחו בשמן המשחה (וגם מה שלקחו לסוטה מעפר קרקע המשכן, הי' רק מצד קדושתו הארעית באותה שעה, וגם אז – לא מצד המקום, אלא מצד המשכן שעמד עליו [בספרי נשא כתוב "שהמקום מקדשו", אבל באמבוהאדספרי פירש שהכוונה שמזמינו להיות ראוי למי סוטה. ולהעיר מהדעה שאין צריך להניחו בקרקע]).
ולכן דווקא בו ניתן לבטא את חילוקי הדרגות בקדושה, גם בגובה הקרקע הגשמית, (וגם דרגות אלו נשארו בקדושתן לנצח – שאכילת קדשי קדשים היא דווקא בעזרה), משא"כ במשכן שלא נקבעה הקדושה במקומו, נשאר המקום הגשמי במישור ולא התרומם מעל קרקע המדבר.
ומכיוון שזהו חידוש עיקרי במהות המקדש, מדגיש הרמב"ם דווקא שינוי זה.
ומבאר הרבי את סיבת הדבר בפנימיותם של הענינים:
הסיבה להבדל זה מובנת לפי המוסבר בחסידות, שבמשכן לא היתה מטרה לשנות את גשמיות העולם, ולכן מבנהו הי' בהתאם לסדר ההשתלשלות: מלמעלה מכסה יריעות – חי, מתחתיו קרשים – צומח, ולמטה אדני כסף וקרקע עפר – דומם. ודווקא המקדש שהי' דירת קבע נבנה בעיקר מאבנים – כי באמצעותו מתהווה דירה בתחתונים, ועליו להחדיר את הקדושה לדרגה הנמוכה ביותר – הדומם שלא ניכרת בו חיות.
ולכן במשכן שלא הי' לתכלית של החדרת קדושה בעולם, לא התבטאו הדרגות השונות בגובה הקרקע. ורק במקדש התבטא הדבר בגובה הקרקע הגשמית [שביהמ"ק גבוה מכל א"י, וא"י מכל הארצות. הע' 44].