מקור הנוסח ד"מודה אני" הוא ב"סדר היום". הובא בעט"ז ריש שו"ע או"ח. שו"ע אדה"ז ס"א ס"ה (ובמהדו"ת שם ס"ו). סידור אדה"ז בתחלתו. ומהותו וענינו מבוארים כמה וכמה פעמים בתורה בכלל, ובתורת החסידות בכלל.
בקונטרס מיוחד שהוציא הרבי מה"מ כהוספה ל'ספר הערכים חב"ד' חלק א, הנקרא בשם 'ענינה של תורת החסידות', מבאר הרבי באריכות את ענינה של תורה זו, מהותה הפנימית, והטעם שהתגלתה בעולם.
כחלק מההסברה של ענינה של תורת החסידות, וכיצד היא מאירה את כל חלקי התורה, מבאר הרבי ענין אחד בתורה לפי כל חלקי התורה, וכיצד הוא מתבאר לפי תורת החסידות.
וכסיבה מדוע בחר דווקא את נושא זה, מבאר הרבי במתק לשון:
"א) מכיון שעל האדם להרגיל עצמו לומר "מודה אני" מיד כשניעור משנתו, "ועי"ז יזכור את ה' העומד עליו ויקום בזריזות", הרי אמירה זו, יסוד וראשית היא לעבודת האדם (קיום כל ההוראות שבתורה) ולחייו – במשך כל היום.
ב) תוכן אמירה זו שהוא "להתבונן מיד לפני מי הוא שוכב לפני מלך מלכי המלכים הקב"ה כמ"ש הלא את השמים ואת הארץ אני מלא כו'" – "כן יחשוב בכל עסקיו ועניניו" , "וזה כלל גדול בתורה ובמעלות הצדיקים ההולכים לפני האלקים כמ"ש שויתי ה' לנגדי תמיד". ז. א. אשר עד"ז צ"ל כל היום כולו.
ג) כל הנ"ל – עבודת האדם לקונו – ה"ז ע"י הקדמת ניעור משינתו בהבלי העולם – כל' הרמב"ם הידוע."
שלושה ענינים אלו, שופכים אור על חשיבותו המיוחדת של נוסח זה, הסיבה שנוסח זה הוא ראשית לכל היום, מה מבטאת אמירה זו, וכיצד היא קשורה בעצם להתעוררות היהודי מההבלי העולם.
ובזה מבאר שם הרבי את פתגמו של הרבי הרש"ב, שאמר אותו בימי ילדותו – "אשר ה"נקודה" (שאחרי תיבת בחמלה) שב"מודה אני" צריכים לפושטה (פננדערשפרייטן) על כל היום כולו – כי בכל רגע ורגע שבמשך כל היום צריכה להיות העבודה דמודה אני".
בהמשך הקונטרס, סוקר הרבי את ענינו של מודה אני לפי כל חלקי התורה, והאור המיוחד ששופכת עליו תורת החסידות, ולהלן אביא חלק מן הנאמר שם.
בתחילה פותח שם הרבי ב"ענינו של "מודה אני כו'" ע"פ חלק הפשט שבתורה הוא – הודאה לה' על "שהחזרת בי נשמתי". ואף שמברכים על החזרת הנשמה ברכת אלקי נשמה, מ"מ צריך לומר גם "מודה אני כו'", כי החיוב להודות על החזרת הנשמה הוא מיד כשניעור משינתו".
ומבאר, שהוא ע"ד החיוב שקיים בברכות הנהנין, שצריך האדם לברך מיד שנהנה, ועוד טרם שהוא נהנה, כך הוא גם החיוב על ההודאה בהחזרת הנשמה לגוף, שהיא הנאה גדולה מאוד, והיא כוללת את כל ההנאות הפרטיות שבעולם, שצריכה להיות מיד שניעור משנתו.
בהמשך מבאר שם הרבי לפי שאר החלקים:
"ענינו של מודה אני כו' ע"פ חלק הרמז שבתורה: החזרת הנשמה בכל בוקר רומזת לתחיית המתים. כי שינה היא אחד מששים במיתה, ובמילא, החזרת הנשמה היא מעין תחה"מ. וזהו "שהחזרת בי נשמתי כו' רבה אמונתך": מזה ש"החזרת בי נשמתי", אנו יודעים ש"רבה אמונתך" לתחה"מ.
ענינו של מודה אני כו' ע"פ חלק הדרוש שבתורה: החזרת הנשמה בכל בוקר – "חדשים לבקרים" – מה שהקב"ה מחזיר להאדם את נשמתו שהפקידה אצלו ואינו מעכבה בעד החוב שהאדם חייב לו, מראה על גודל אמונתו של הקב"ה – "רבה אמונתך". ומזה אנו דורשים ולמדים, שגם האדם צ"ל איש אמונים באופן כזה, ואסור לו לעכב את פקדונו של חבירו בשביל החובות שהמפקיד חייב לו.
ענינו של מודה אני כו' ע"פ חלק הסוד שבתורה: "מלך חי וקיים" הוא בחי' המלכות כמו שהיא מיוחדת עם בחי' היסוד [כי "מלך" מורה לספירת המלכות, ו"חי וקיים" – לספירת היסוד] וזהו "מלך חי וקיים שהחזרת בי נשמתי", שהחזרת הנשמה באה מבחי' המלכות כמו שהיא מיוחדת עם בחי' היסוד."
ומבאר שם הרבי, שכל זה הוא ענינים פרטיים במודה אני, שכל ביאור מבאר ענין פרטי ומסויים, ואילו הביאור שקיים בתורת החסידות הוא מוסיף עומק בכל הפירושים, והוא "התחלתו של סדר היום הוא במודה אני, שאומרים אותו קודם נט"י, אפילו בידים טמאות, לפי שכל הטומאות שבעולם אינן מטמאות את ה"מודה אני" של יהודי. אפשר שיהי' חסר בענין זה או בענין אחר – אבל ה"מודה אני" שלו נשאר תמיד בשלימות.
וענין זה הוא מצד היחידה דוקא: בד' הבחינות נרנ"ח שייך ענין הפגם או גם טומאה כו', אבל מצד היחידה שבנשמה שמיוחדת תמיד בעצמותו ית', אין שייך כל פגם וטומאה ח"ו ונשאר תמיד בשלמותו."
מומלץ מאוד ללמוד את הקונטרס הנ"ל בעיון הנדרש, ושם הראה הרבי, באופן נדיר, כיצד תורת החסידות שופכת אור ומאירה את כל חלקי התורה.
ומכל הנ"ל, מובן מדוע "מודה אני" נבחר להיות הקטע הראשון שאומרים מיד שנעורים מהשינה, כי הוא מבטא את עצם הנשמה של יהודי, ששום דבר בעולם לא יכול לשנות אותו או לפגוע בו, והוא מבטא את המהות הפנימית שאותה צריכים להמשיך במשך כל היום כולו, לחיות ברוחו של "מודה אני".