Mordejai sabía que Amán era descendiente de Amalek.
Esto se menciona explícitamente en Otsar Hamidrashim en Megillat Esther, página 55.
Era imposible matarlo porque se encontraba en el exilio, fuera de Israel, en un momento en el que el poder de los judíos y de los tribunales estaba limitado.
En tal situación, la mitzvá no está en vigor.
Ver Sefer haJinuj, Mitzva 604.