פסח שני נחשב כיום שמחה ואין אומרים במהלך התפילות את קטעי ה"תחנון".
נוהגים לאכול מצה ביום זה (ומותר לאכול בו חמץ).
על פסח שני כותב הרבי: "ענינו של פסח שני הוא שאין דבר אבוד, תמיד ניתן לתקן. אפילו מי שהיה טמא, מי שהיה בדרך רחוקה, ואפילו אם הדבר נעשה "לכם", כלומר ברצונו – למרות זאת ניתן לתקן".